Tras la derrota de su vieja y maliciosa némesis, Shredder, las Tortugas han crecido separadas como una familia. Luchando para seguir unidas, su rata sensei, Master Splinter, se preocupa cuando extraños eventos comienzan a ocurrir en Nueva York. El científico Max Winters está creando un ejército de monstruos de otros tiempos para, aparentemente, adueñarse del mundo. Y tan sólo el equipo de lucha de las super-ninja puede pararlos-aquellos héroes de medio caparazón- ¡Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael! Con la ayuda de sus viejos aliados April O"Neil y Casey Jones, las Tortugas vuelven para la lucha de sus vidas, ya que una vez más deberán enfrentarse al misterioso Clan del Pie, que usa sus destrezas ninja contra el esfuerzo de Winters.